Le Congrès est l'instance suprême et souveraine de l'UNSA-ICNA. Il se réunit tous les deux ans.
Lieu de réflexion et de décision, il est ouvert à tous les adhérents qui souhaitent y participer.
Lire les Résolutions Générales des Congrès de l'UNSA-ICNA
Le Bureau National est l'exécutif de l'UNSA-ICNA.
Elu directement par le Congrès, il est chargé d'appliquer et de mettre en œuvre les décisions prises par celui-ci.
La Commission Exécutive représente les sections de l'UNSA-ICNA. Elle a un rôle de surveillance de l'action du Syndicat.
Elle est consultée par le Bureau National sur tous les sujets impactant les conditions de travail des contrôleurs ainsi que sur toutes les questions auxquelles la politique de Congrès n'apporte pas de réponse.
La Commission de Contrôle Financier est l'instance chargée de vérifier les comptes de l'UNSA-ICNA et de gérer la caisse de grève.
Elle est composée de deux membres élus lors du Congrès.
Publication des comptes annuels du syndicat
Soucieux d'assurer la distance la plus courte entre l'adhérent et l'exécutif entre deux congrès, l'UNSA-ICNA a mis en place une procédure d'initiative directe.
À la demande de 25% de ses membres, le syndicat organise une consultation directe de ses adhérents. Le résultat de cette consultation oblige la politique future de l'UNSA-ICNA.